La cinta di mura gianicolensi costituisce l'ultimo intervento di considerevole portata per la difesa di Roma, voluta da Papa Urbano VIII Barberini (1643).
Dall'aprile al giugno del 1849, il settore di mura controllato da Porta San Pancrazio fu teatro di aspri combattimenti per la strenua difesa garibaldina della Repubblica Romana di Mazzini, Saffi ed Armellini, 
contro le truppe francesi comandate dal Gen. Oudinot. Combatterono qui assieme a Garibaldi, Manara con i suoi bersaglieri, Dandolo, Mameli e Masina, fino alla notte tra il 29 e il 30 giugno quando la difesa cessò ed ebbe inizio l'invasione della città. Le mura, sotto il fuoco d'assedio, rovinarono in più punti ed anche la porta venne distrutta; fu ricostruita, nella forma attuale, nel 1854 su progetto di Vespignani.
All'interno di Porta San Pancrazio gli spazi disponibili sono attualmente strutturati per ospitare due raccolte che ripercorrono un itinerario garibaldino che va dalle vicende risorgimentali a quelle partigiane della seconda guerra mondiale.
Il "Museo Garibaldino" vero e proprio abbraccia un periodo che va dagli anni quaranta del XIX secolo fino al primo conflitto mondiale, quando i garibaldini partirono volontari per combattere in Francia inquadrati nella legione straniera. Nelle rinnovate sale le vetrine, le bacheche ed ogni angolo delle pareti raccolgono ricordi di tutti i tipi. Numerosi i cimeli relativi a Giuseppe Garibaldi e 
ai suoi parenti, da Anita ai figli, ma vi sono anche ricordi della Repubblica Romana e dei garibaldini di tutte le epoche, camicie rosse di ufficiali e di semplici soldati, testimonianze di vari interventi in Europa in favore della libertà dei popoli e dei tentativi di creare una nuova organizzazione sociale.
Il "Museo della Divisione Italiana Partigiana Garibaldi" è invece dedicato all'ultima epopea garibaldina, ricorda infatti le vicende dei soldati italiani delle divisioni "Venezia" e "Taurinense" che, trovatisi isolati in Montenegro al momento dell'armistizio dell'8 settembre 1943, anziché arrendersi ai tedeschi si unirono a formare la "Divisione Italiana Partigiana Garibaldi" e continuarono a combattere, collaborando con le forze jugoslave, per la liberazione di quel territorio, nel corso di ben diciotto mesi di combattimenti particolarmente duri e difficili, pagando per questo un drammatico tributo di sacrifici e perdite umane. Una testimonianza di amor di patria per un riscatto d'onore e di dignità al di sopra di ogni ideologia di parte.
Porta San Pancrazio e la sua storia >>>
Il Museo è temporaneamente chiuso al pubblico per operazioni di risistemazione interna. In vista della riapertura è in fase di completamento la catalogazione dei cimeli e fotografie del Museo e dei documenti dell'Archivio storico.
Il Consiglio Nazionale dell'ANVRG nella seduta del 21 marzo 2010 ha nominato:
- Annita Garibaldi Jallet - Direttrice del Museo
- Matteo Stefanori - Vicedirettore del Museo